V srednjem veku je v vseh deželah zahodne Evrope delovala inkvizicija – sodišče rimokatoliške cerkve, ustanovljeno na današnji dan leta 1289. Njegova glavna naloga je bila zatiranje “krivoverstva”.
Krivoverstvo ali herezija je za Cerkev že od začetka predstavljalo težavo. V prvih stoletjih so se pojavili arijanci in manihejanci. Srednji vek so zaznamovali katari in Valdežani, renesanso oziroma obdobje protestantizma pa husiti, luteranci, kalvinisti in rožni križarji. Prizadevanja za zatiranje krivoverstva so bila sprva namenjena njim.
Cerkev ni nikoli mogla sama kaznovati heretike, saj ji je to prepovedoval kanonski zakon oz. njen nauk. Inkvizicija je le sodila in izobčila krivoverce, kaznovale so jih civilne oblasti.
Inkvizitorski priročnik iz leta 1578 določi namen inkvizicijskih kazni kot: … quoniam punitio non refertur primo & per se in correctionem & bonum eius qui punitur, sed in bonum publicum ut alij terreantur, & a malis committendis avocentur. Prevedeno:
“…pravi namen kazni ni kazen sama, da bi se oseba popravila ali poboljšala, ampak za skupno dobro, da
bi se ostali ustrašili in se izogibali zlu, ki bi ga drugače zagrešili.”
Še posebno krvava in neusmiljena je bila španska inkvizicija, ustanovljena leta 1480 in razpuščena šele po dobrih 350-ih letih. Kot posebna ustanova je bila zadolžena za zatiranje herezije. Inkvizicijski sodniki so krivoverce po strahotnem mučenju, s katerim so iz njih izsilili priznanje, navadno obsodili na smrt na grmadi in na zaplembo premoženja, ki so si ga razdelili cerkveni velikaši in fevdalci.
Žrtve inkvizicije so bili mnogi napredni duhovi tistega časa, kot na primer češki duhovnik in reformator Jan Hus in italijanski filozof Giordano Bruno, z inkvizicijo pa je imel opravka tudi italijanski fizik, matematik, astronom in filozof Galileo Galilei, saj se je moral javno odreči svojim spoznanjem in zadnja leta življenja preživeti v hišnem zaporu.
Po 15. stoletju v Evropi (razen v Španiji in Italiji) inkvizicija neha delovati. Tako tudi ni mogla biti odgovorna za »lov na čarovnice« iz 16 stoletja. V Angliji, Nemčiji in Franciji kjer je bila velika večina sežigov čarovnic takrat inkviziciija ni delovala.
